В годы Великой Отечественной войны Алексей Николаевич Ботян в составе партизанского отряда участвовал в боевых действиях на территории Украины, Белоруссии, Польши и Чехословакии, пройдя путь от рядового бойца до заместителя командира партизанского соединения по разведке.

Он вошёл в историю тем, что спас от разрушения польский город Краков. Советские войска освободили Краков от фашистов 19 января 1945 года. Немцы хотели взорвать город, а всю взрывчатку свозили в старинный Ягеллонский замок. Но утром 18 января раздался взрыв: это взлетели на воздух тонны тротила. Операция была проведена разведгруппой под командованием Алексея Ботяна. Так были разрушены планы немцев и спасен Краков – один из красивейших городов Польши. За эту операцию Алексей Ботян был награжден польским орденом «Виртути милитари».

После окончания войны он работал в центральном аппарате внешней разведки, неоднократно привлекался для выполнения сложных и ответственных заданий за рубежом. В мае 2007 года ему было присвоено звание Герой Российской Федерации.

Алексей Ботян – один из прообразов легендарного майора «Вихря» (героя романа Юлиана Семенова и одноименного фильма).